サーバーサイドのシステムコール・データベースの TIMESTAMP 型・POSIX 準拠の API は秒タイムスタンプを要求することが多いです。一方 JavaScript の Date.now() やイベントログの高精度計測にはミリ秒タイムスタンプが必要です。用途に合わせて使い分けてください。
2038年問題(Year 2038 Problem)への対応は必要ですか?
32ビット符号付き整数でUnix秒を保持するシステムは 2038-01-19 03:14:07 UTC でオーバーフローします(2038年問題)。64ビット整数を使えばこの問題を回避できます。このツールが出力する値はJavaScriptのNumber型(倍精度浮動小数点)なので実用上問題ありませんが、保存先のDBやシステムが32ビット整数を使っていないか確認してください。